Salut
La revue scientifique New Phytologist vient de sortir un numéro spécial en grande partie consacré à la truffe du Périgord. Ce numéro est intitulé "Unearthing the truffle genome", ce qui peut se traduire par "Sortir de terre la génome de la truffe" ... joli titre ...
Voici la référence complète de ce numéro :
New Phytologist, vol.189, issue 3, pp.645-891 (février 2011).
Le responsable éditorial est Francis Martin de l'INRA Nancy.
Il y a 5 ou 6 articles qui traitent explicitement de la truffe principalement autour du séquençage du génome. Je n'ai pas encore tout lu car c'est assez long et technique. Il y a des choses qui me semblent toutefois très intéressantes. Si j'ai bien compris, les gênes associés à la reproduction de la truffe sont identifiés, ce qui confirme définitivement le mode de reproduction hétérothallique. Il y a aussi des infos sur la façon dont sont distribués les différents "mating types" dans des truffières productives et sur les racines de jeunes plants en pépinière (je ne sais pas trop comment traduire "mating types" mais c'est ce qui est à la base de la reproduction c'est à dire de la fructification). Les applications pratiques semblent évidentes : pouvoir prévoir à l'avance, aussi bien sur des jeunes plants que dans une plantation, si les racines portent bien les différents "mating types" nécessaires à la fructification.
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Numero special Truffe de la revue New Phytologist
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Leromain84
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superphil a écrit :Salut
La revue scientifique New Phytologist vient de sortir un numéro spécial en grande partie consacré à la truffe du Périgord. Ce numéro est intitulé "Unearthing the truffle genome", ce qui peut se traduire par "Sortir de terre la génome de la truffe" ... joli titre ...
Voici la référence complète de ce numéro :
New Phytologist, vol.189, issue 3, pp.645-891 (février 2011).
Le responsable éditorial est Francis Martin de l'INRA Nancy.
Il y a 5 ou 6 articles qui traitent explicitement de la truffe principalement autour du séquençage du génome. Je n'ai pas encore tout lu car c'est assez long et technique. Il y a des choses qui me semblent toutefois très intéressantes. Si j'ai bien compris, les gênes associés à la reproduction de la truffe sont identifiés, ce qui confirme définitivement le mode de reproduction hétérothallique. Il y a aussi des infos sur la façon dont sont distribués les différents "mating types" dans des truffières productives et sur les racines de jeunes plants en pépinière (je ne sais pas trop comment traduire "mating types" mais c'est ce qui est à la base de la reproduction c'est à dire de la fructification). Les applications pratiques semblent évidentes : pouvoir prévoir à l'avance, aussi bien sur des jeunes plants que dans une plantation, si les racines portent bien les différents "mating types" nécessaires à la fructification.
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y a d'autres articles ?
où as tu trouvé cette publication ?
Salut Benoit
Voici le lien vers le numéro "spécial truffe" de New Phytologist. Tu y trouvera tous les articles en pdf (accès libre il me semble) :
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1 ... 3/issuetoc
A+
Voici le lien vers le numéro "spécial truffe" de New Phytologist. Tu y trouvera tous les articles en pdf (accès libre il me semble) :
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1 ... 3/issuetoc
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phil
Je crois que le principal y est.
Mots clés :' omiques ;champignons ectomycorhiziens.diversité génétique ;séquence du génome.accouplement des gènes de type ;Périgord noir truffe (Tuber melanosporum) ;symbiose.cycle de vie de truffeLe « diamant noir », le « produit mystérieux de la terre », le 'champignon ultime' et « la grande mystique » sont certains des noms usuels décrivant la truffe délectable de Périgord noir (Tuber melanosporum Vitt.). La culture, la récolte et la commercialisation de ce fort prisée champignon sont un monde qui conserve certains des secrets et intrigue du passé (Hall et al., 2007). Culture de la truffe est notoirement difficile, en partie en raison de son cycle de vie cryptique comme un symbiote souterrain, dans lequel le champignon métiers nutriments avec les racines des arbres de chêne. À la fin des années 1960, il y avait eu quelques succès en concevant de nouvelles méthodes de production infectés à la truffe semis dans des conditions contrôlées en serres par inoculation des plantes avec les cultures de la truffe et de spores. Après plantation réussie dans les vergers, des informations fiables sur les rendements de truffe et la production sont très difficiles d'obtenir à la suite de la sous-déclaration des récoltes, les pratiques de marketing clandestins et l'absence de documents de l'administration. Cependant, il semble que la production de truffes, comme pour les autres champignons, est erratique d'année en année (selon les conditions météorologiques) et a tendance à décliner à la suite d'un changement climatique global. Diminution de l'approvisionnement et la montée des prix du marché ont fourni une incitation forte pour la recherche sur la culture de la truffe. Cela inclut une meilleure compréhension du cycle de vie du champignon et l'écologie des motifs de la truffe. Les scientifiques étudie les interactions plante – microbe et l'écologie moléculaire de la symbiose mycorhizienne bénéficieront de la description du génome du t. melanosporum (Martin et al., 2010) et également des papiers de compagnon compilés dans ce numéro de New Phytologist (Ceccaroli et al.2011; Montanini et coll., 2011; Rubini et al., 2011a, b; Splivallo et coll., 2011; Tisserant et coll., 2011) et en biologie et génétique des champignons (Bolchi et coll., 2011; Murat et coll., 2011; Zampieri et coll., 2011). Les auteurs de ces documents ont utilisé le génome de truffe fraîchement toute pour commencer à certaines des questions plus fascinantes de la biologie et l'écologie de ce champignon emblématique de la sonde.
Ce qu'a révélé l'analyse initiale de la séquence du génome de truffe ? Le génome du tubercule , de 125 mégabases, est l'un des plus grands fongiques génomes séquencés jusqu'à présent, mais il contient moins de 7500 gènes codant pour des protéines – un espace de gène très compact (Martin et al., 2010). Il semblerait, basé sur les gènes différents répertoires et de la symbiose transcriptome de t. melanosporum et le Basidiomycète ectomycorhizien Laccaria bicolor (Martin et al., 2008), que l'évolution de la mode de vie symbiotique est assez divergentes (Plett et Martin, 2011). Les deux symbiotes utilisent moléculaires très différents « boîtes » pour interagir avec leurs hôtes respectifs. Le génome du tubercule comprend > 55 % rétrotransposons et transposons ADN (Martin et al., 2010). Né en rafales, rétrotransposons principalement dispersées dans le génome du tubercule durant les dernières années de 5 millions de dollars. Si ces rétrotransposons sont génératrices de nouveaux gènes grâce à la réorganisation des fragments du gène dans t. melanosporum reste à être étudiée. Microsatellites (SSR) sont également très abondantes dans le génome et ont été utilisées pour produire des empreintes digitales de la SSR multilocus de plusieurs versements géographiques (Murat et coll., 2011). Cette enquête a montré que t. melanosporum est une espèce avec une grande diversité génétique, qui est en accord avec son système d'accouplement hétérothallique récemment découvert (Rubini et al., 2011b, p. 710–722).
Tout en regardant le répertoire de gène de t. melanosporum et de classification de la fonction de ses gènes nous peuvent dire ce qu'il est capable de, il ne nous dit pas si cette espèce a jamais tire parti de cette fonctionnalité. Transcriptomique nous donne un instantané dont les gènes sont exprimés, et en comparant le profil de transcriptomique de t. melanosporum comme il l'expérience des environnements différents, nous pouvons commencer à comprendre comment la truffe répondra aux changements dans son environnement hôte de plantes et de l'écosystème. Pour compléter les efforts de séquençage génomique, Tisserant et coll. (p. 883–891) utilisé RNA Illumina sur ultrasequencing pour générer une image du répertoire de gènes exprimés au cours de la formation de symbiose et la fructification. Ayant cette image se sont avérée très précieux pour la communauté dans le processus d'annotation. Transcriptomique et l'analyse du génome n'est qu'un outil de puissance dans la boîte à outils. Pour bien comprendre la biologie de la symbiose de truffe, nous devons effectuer multi-'omic observations à l'aide de la génomique, protéomique et métabolomique pour déterminer les changements dans la génomique potentiel, protéine inventaire ou un métabolite profil. Montanini et al. (p. 736–750) utilisé analyse fonctionnelle chez la levure afin d'identifier et de facteurs de transcriptionnelles t. melanosporum (TFs) au catalogue. Ils ont identifié plusieurs remarquablement augmentée TFs dans le mycélium qui colonisent la racine, ce qui suggère qu'elles sont contrôlant le développement et le fonctionnement de la symbiose. Annotation complète et le profilage de la transcription des gènes impliqués dans le métabolisme des glucides (Ceccaroli et al., p. 751–764) et de l'homéostasie du métal (Bolchi et al., 2011) sont offrant des points roman sur le fonctionnement de t. melanosporum à la symbiose et la formation de la truffe. Un point de toujours tenir compte est que sans des informations sur l'environnement à partir de laquelle ces-'omic les observations sont faites, nous ne pouvons atteindre aucun des conclusions significatives concernant la relation de ces observations à l'écosystème. Les informations contextuelles, comme la température, les précipitations et le pH, peuvent nous aider à construire une idée des conditions qui ont agi pour créer le transcriptome en premier lieu. L'identification des gènes sensibles au froid (Zampieri et coll., 2011) fournissant ainsi, nouveaux marqueurs pour étudier la truffe biologie in situ.
Il est essentiel de comprendre comment les t. melanosporum fonctionne et interagit dans un écosystème. Cette question est abordée directement dans une étude de la percée de la distribution des gènes de type sexuel et dynamique dans un sol de truffe par Rubini et coll. (2011a, p. 723–735). La distribution biaisée des types dans un sol de truffe d'accouplement est un facteur qui peut limiter sévèrement la production et la fructification de la truffe, et une compréhension approfondie de ce mécanisme bénéficiera probablement truffe au sol gestion. En outre, la disponibilité des collections de plusieurs versements géographiques devrait permettre de séquençage ADN et d'ARN de prochaine génération caractériser l'impact fonctionnel de la variabilité du génome. Cela permettra aux questions uniques sur l'organisation du génome et de plasticité et d'expression des gènes, incluant les gènes liés au sexe.
Gourmands de truffe décrivent le parfum de la truffe de Périgord que sensuelle, séduisant et unique. Comme indiqué par Splivallo et al. (p. 688–699), ces composés organiques volatils (COV) aromatiques sont synthétisées pas pour le simple plaisir de l'être humain. Substances volatiles truffe agissent comme odorant repères pour les mammifères et les insectes, qui sont donc capables de localiser les champignons précieuses souterrains et se propager leurs spores. COV joue également un rôle dans l'écologie du symbiote dans le contrôle des interactions avec les plantes et les micro-organismes rhizosphère. Analyse simultanée des COV et des profils de transcription dans des échantillons environnementaux est actuellement en cours et devienne de plus en plus significatif pour la compréhension de la synthèse de la cocktail complexe de substances volatiles aromatiques de truffe.
De toute évidence, l'analyse de la première séquence du génome d'un champignon, l. bicolor (Martin et al., 2008) et le génome de truffe présents ont nous amenés à un point où nous sommes confrontés à des occasions de développer une compréhension de l'évolution de la symbiose mycorhizienne de manières jamais prévu. Le séquençage de la truffe de Périgord noir nous émeut une étape plue loin le passé vers un avenir où nous seront suite multidimensionnelles changements dans des réseaux de gènes et leur relatives à l'écologie du sol de la truffe. Génomique de t. melanosporum offre également des indices qui pourraient aider à une industrie de truffe qui regorge de rendements imprévisibles et un marché de la contrefaçon. Le livre du génome et son radeau de documents de compagnon nous apportent avec un éclairage nouveau sur la biologie de ce champignon « ultime », mais cela laisse encore suffisamment mystère dans le domaine afin que vous pouvez apprécier votre risotto truffled. Bon appétit
Mots clés :' omiques ;champignons ectomycorhiziens.diversité génétique ;séquence du génome.accouplement des gènes de type ;Périgord noir truffe (Tuber melanosporum) ;symbiose.cycle de vie de truffeLe « diamant noir », le « produit mystérieux de la terre », le 'champignon ultime' et « la grande mystique » sont certains des noms usuels décrivant la truffe délectable de Périgord noir (Tuber melanosporum Vitt.). La culture, la récolte et la commercialisation de ce fort prisée champignon sont un monde qui conserve certains des secrets et intrigue du passé (Hall et al., 2007). Culture de la truffe est notoirement difficile, en partie en raison de son cycle de vie cryptique comme un symbiote souterrain, dans lequel le champignon métiers nutriments avec les racines des arbres de chêne. À la fin des années 1960, il y avait eu quelques succès en concevant de nouvelles méthodes de production infectés à la truffe semis dans des conditions contrôlées en serres par inoculation des plantes avec les cultures de la truffe et de spores. Après plantation réussie dans les vergers, des informations fiables sur les rendements de truffe et la production sont très difficiles d'obtenir à la suite de la sous-déclaration des récoltes, les pratiques de marketing clandestins et l'absence de documents de l'administration. Cependant, il semble que la production de truffes, comme pour les autres champignons, est erratique d'année en année (selon les conditions météorologiques) et a tendance à décliner à la suite d'un changement climatique global. Diminution de l'approvisionnement et la montée des prix du marché ont fourni une incitation forte pour la recherche sur la culture de la truffe. Cela inclut une meilleure compréhension du cycle de vie du champignon et l'écologie des motifs de la truffe. Les scientifiques étudie les interactions plante – microbe et l'écologie moléculaire de la symbiose mycorhizienne bénéficieront de la description du génome du t. melanosporum (Martin et al., 2010) et également des papiers de compagnon compilés dans ce numéro de New Phytologist (Ceccaroli et al.2011; Montanini et coll., 2011; Rubini et al., 2011a, b; Splivallo et coll., 2011; Tisserant et coll., 2011) et en biologie et génétique des champignons (Bolchi et coll., 2011; Murat et coll., 2011; Zampieri et coll., 2011). Les auteurs de ces documents ont utilisé le génome de truffe fraîchement toute pour commencer à certaines des questions plus fascinantes de la biologie et l'écologie de ce champignon emblématique de la sonde.
Ce qu'a révélé l'analyse initiale de la séquence du génome de truffe ? Le génome du tubercule , de 125 mégabases, est l'un des plus grands fongiques génomes séquencés jusqu'à présent, mais il contient moins de 7500 gènes codant pour des protéines – un espace de gène très compact (Martin et al., 2010). Il semblerait, basé sur les gènes différents répertoires et de la symbiose transcriptome de t. melanosporum et le Basidiomycète ectomycorhizien Laccaria bicolor (Martin et al., 2008), que l'évolution de la mode de vie symbiotique est assez divergentes (Plett et Martin, 2011). Les deux symbiotes utilisent moléculaires très différents « boîtes » pour interagir avec leurs hôtes respectifs. Le génome du tubercule comprend > 55 % rétrotransposons et transposons ADN (Martin et al., 2010). Né en rafales, rétrotransposons principalement dispersées dans le génome du tubercule durant les dernières années de 5 millions de dollars. Si ces rétrotransposons sont génératrices de nouveaux gènes grâce à la réorganisation des fragments du gène dans t. melanosporum reste à être étudiée. Microsatellites (SSR) sont également très abondantes dans le génome et ont été utilisées pour produire des empreintes digitales de la SSR multilocus de plusieurs versements géographiques (Murat et coll., 2011). Cette enquête a montré que t. melanosporum est une espèce avec une grande diversité génétique, qui est en accord avec son système d'accouplement hétérothallique récemment découvert (Rubini et al., 2011b, p. 710–722).
Tout en regardant le répertoire de gène de t. melanosporum et de classification de la fonction de ses gènes nous peuvent dire ce qu'il est capable de, il ne nous dit pas si cette espèce a jamais tire parti de cette fonctionnalité. Transcriptomique nous donne un instantané dont les gènes sont exprimés, et en comparant le profil de transcriptomique de t. melanosporum comme il l'expérience des environnements différents, nous pouvons commencer à comprendre comment la truffe répondra aux changements dans son environnement hôte de plantes et de l'écosystème. Pour compléter les efforts de séquençage génomique, Tisserant et coll. (p. 883–891) utilisé RNA Illumina sur ultrasequencing pour générer une image du répertoire de gènes exprimés au cours de la formation de symbiose et la fructification. Ayant cette image se sont avérée très précieux pour la communauté dans le processus d'annotation. Transcriptomique et l'analyse du génome n'est qu'un outil de puissance dans la boîte à outils. Pour bien comprendre la biologie de la symbiose de truffe, nous devons effectuer multi-'omic observations à l'aide de la génomique, protéomique et métabolomique pour déterminer les changements dans la génomique potentiel, protéine inventaire ou un métabolite profil. Montanini et al. (p. 736–750) utilisé analyse fonctionnelle chez la levure afin d'identifier et de facteurs de transcriptionnelles t. melanosporum (TFs) au catalogue. Ils ont identifié plusieurs remarquablement augmentée TFs dans le mycélium qui colonisent la racine, ce qui suggère qu'elles sont contrôlant le développement et le fonctionnement de la symbiose. Annotation complète et le profilage de la transcription des gènes impliqués dans le métabolisme des glucides (Ceccaroli et al., p. 751–764) et de l'homéostasie du métal (Bolchi et al., 2011) sont offrant des points roman sur le fonctionnement de t. melanosporum à la symbiose et la formation de la truffe. Un point de toujours tenir compte est que sans des informations sur l'environnement à partir de laquelle ces-'omic les observations sont faites, nous ne pouvons atteindre aucun des conclusions significatives concernant la relation de ces observations à l'écosystème. Les informations contextuelles, comme la température, les précipitations et le pH, peuvent nous aider à construire une idée des conditions qui ont agi pour créer le transcriptome en premier lieu. L'identification des gènes sensibles au froid (Zampieri et coll., 2011) fournissant ainsi, nouveaux marqueurs pour étudier la truffe biologie in situ.
Il est essentiel de comprendre comment les t. melanosporum fonctionne et interagit dans un écosystème. Cette question est abordée directement dans une étude de la percée de la distribution des gènes de type sexuel et dynamique dans un sol de truffe par Rubini et coll. (2011a, p. 723–735). La distribution biaisée des types dans un sol de truffe d'accouplement est un facteur qui peut limiter sévèrement la production et la fructification de la truffe, et une compréhension approfondie de ce mécanisme bénéficiera probablement truffe au sol gestion. En outre, la disponibilité des collections de plusieurs versements géographiques devrait permettre de séquençage ADN et d'ARN de prochaine génération caractériser l'impact fonctionnel de la variabilité du génome. Cela permettra aux questions uniques sur l'organisation du génome et de plasticité et d'expression des gènes, incluant les gènes liés au sexe.
Gourmands de truffe décrivent le parfum de la truffe de Périgord que sensuelle, séduisant et unique. Comme indiqué par Splivallo et al. (p. 688–699), ces composés organiques volatils (COV) aromatiques sont synthétisées pas pour le simple plaisir de l'être humain. Substances volatiles truffe agissent comme odorant repères pour les mammifères et les insectes, qui sont donc capables de localiser les champignons précieuses souterrains et se propager leurs spores. COV joue également un rôle dans l'écologie du symbiote dans le contrôle des interactions avec les plantes et les micro-organismes rhizosphère. Analyse simultanée des COV et des profils de transcription dans des échantillons environnementaux est actuellement en cours et devienne de plus en plus significatif pour la compréhension de la synthèse de la cocktail complexe de substances volatiles aromatiques de truffe.
De toute évidence, l'analyse de la première séquence du génome d'un champignon, l. bicolor (Martin et al., 2008) et le génome de truffe présents ont nous amenés à un point où nous sommes confrontés à des occasions de développer une compréhension de l'évolution de la symbiose mycorhizienne de manières jamais prévu. Le séquençage de la truffe de Périgord noir nous émeut une étape plue loin le passé vers un avenir où nous seront suite multidimensionnelles changements dans des réseaux de gènes et leur relatives à l'écologie du sol de la truffe. Génomique de t. melanosporum offre également des indices qui pourraient aider à une industrie de truffe qui regorge de rendements imprévisibles et un marché de la contrefaçon. Le livre du génome et son radeau de documents de compagnon nous apportent avec un éclairage nouveau sur la biologie de ce champignon « ultime », mais cela laisse encore suffisamment mystère dans le domaine afin que vous pouvez apprécier votre risotto truffled. Bon appétit
Dernière modification par bernard le 10 mai 2011 12:43, modifié 1 fois.
Dans la vie tout n'est qu'une histoire de dosage , encore faut-il avoir le courage d'oser doser !