Re: Aspect mycologie
Publié : 14 févr. 2016 08:24
Bonjour à tous,
j'ai trouvé ça, publication 2015 :
"L'objectif de l'étude de génomique comparative publiée dans Nature Genetics et conduite par le consortium Mycorrhizal Genomics Initiative, coordonné par l'Inra, visait à identifier les processus évolutifs qui ont conduit à l’apparition des champignons mycorhiziens dans toutes les forêts du globe il y a plus de 200 millions d'années. Pour cela, les chercheurs ont séquencé et analysé 13 nouveaux génomes de symbiotes mycorhiziens dont ceux de l'amanite tue-mouche, du bolet jaune et du paxille enroulé. Ils les ont comparés aux génomes des champignons mycorhiziens déjà séquencés, Laccaria bicolor, la Truffe noire du Périgord et le champignon à arbuscules, Rhizophagus irregularis, ainsi qu'à 33 génomes de champignons décomposeurs. Les chercheurs ont caractérisé l’arsenal de dégradation enzymatique de ces champignons et en particulier les différentes familles de gènes impliqués dans la dégradation du composant majeur du bois, la lignocellulose.
Cette analyse phylogénomique met en évidence une forte corrélation entre le répertoire de gènes impliqués dans la décomposition de la lignocellulose (cellulases, ligninases) et les styles de vie (pourriture blanche, pourriture brune ou symbiote mycorhizien). Elle révèle également que la symbiose mycorhizienne est apparue indépendamment dans toutes les lignées principales des champignons par convergence évolutive soulignant ainsi son succès évolutif.
Sur la base de ces travaux originaux, les chercheurs proposent un scénario expliquant l’évolution des principaux groupes de champignons forestiers au cours des dernières 300 millions d’années. Les premiers champignons xylophages auraient été des agents de la pourriture blanche équipés d’un arsenal important d’enzymes de dégradation de la lignine et de la cellulose . Ces espèces ancestrales auraient ensuite évolué vers les agents de la pourriture brune capables de dépolymériser la lignine par des réactions chimiques d’oxydo-réduction et de consommer ensuite la cellulose. Enfin, des pourritures blanches ou brunes auraient établi des mécanismes de communication afin de dialoguer avec les racines des arbres et établir ainsi des relations symbiotiques avec elles. Ces nouvelles espèces mutualistes auraient ainsi été capables d'utiliser les sucres simples de leur hôte et se seraient débarrassé de leur coûteux arsenal de dégradation enzymatique par érosion génomique. Outre la réduction massive des enzymes de dégradation de la paroi végétale, il apparaît que la capacité à former une symbiose mycorhizienne impose également l’invention de protéines de communication capables de contrôler les défenses immunitaires de la plante, condition indispensable à la colonisastion massive de la racine.
Ces travaux apportent un éclairage nouveau sur l'histoire évolutive de deux guildes majeures de champignons forestiers, les décomposeurs et les symbiotes mutualistes. Ils mettent également en évidence la relation forte entre la composition de l'arsenal enzymatique de dégradation et la niche écologique des champignons forestiers. Enfin, les ressources génomiques générées par ce programme faciliteront les études fonctionnelles sur l'impact des changements globaux sur les services écosystémiques assurés par ces champignons du sol.
Référence
Annegret Kohler, Alan Kuo, Laszlo G Nagy, Emmanuelle Morin, Kerrie W Barry, Francois Buscot, Björn Canbäck, Cindy Choi, Nicolas Cichocki, Alicia Clum, Jan Colpaert, Alex Copeland, Mauricio D Costa, Jeanne Doré, Dimitrios Floudas, Gilles Gay, Mariangela Girlanda, Bernard Henrissat, Sylvie Herrmann, Jaqueline Hess, Nils Högberg, Tomas Johansson, Hassine-Radhouane Khouja, Kurt LaButti, Urs Lahrmann, Anthony Levasseur, Erika A Lindquist, Anna Lipzen, Roland Marmeisse, Elena Martino, Claude Murat, Chew Y Ngan, Uwe Nehls, Jonathan M Plett, Anne Pringle, Robin A Ohm, Silvia Perotto, Robert Riley, Francois Rineau, Joske Ruytinx, Asaf Salamov, Firoz Shah, Hui Sun, Mika Tarkka, Andrew Tritt, Claire Veneault-Fourrey, Alga Zuccaro, Mycorrhizal Genomics Initiative Consortium, Anders Tunlid, Igor V Grigoriev, David S Hibbett & Francis Martin. Convergent losses of decay mechanisms and rapid turnover of symbiosis genes in mycorrhizal mutualists. Nature Genetics, en ligne le 23 février 2015. doi:10.1038/ng.3223
j'ai trouvé ça, publication 2015 :
"L'objectif de l'étude de génomique comparative publiée dans Nature Genetics et conduite par le consortium Mycorrhizal Genomics Initiative, coordonné par l'Inra, visait à identifier les processus évolutifs qui ont conduit à l’apparition des champignons mycorhiziens dans toutes les forêts du globe il y a plus de 200 millions d'années. Pour cela, les chercheurs ont séquencé et analysé 13 nouveaux génomes de symbiotes mycorhiziens dont ceux de l'amanite tue-mouche, du bolet jaune et du paxille enroulé. Ils les ont comparés aux génomes des champignons mycorhiziens déjà séquencés, Laccaria bicolor, la Truffe noire du Périgord et le champignon à arbuscules, Rhizophagus irregularis, ainsi qu'à 33 génomes de champignons décomposeurs. Les chercheurs ont caractérisé l’arsenal de dégradation enzymatique de ces champignons et en particulier les différentes familles de gènes impliqués dans la dégradation du composant majeur du bois, la lignocellulose.
Cette analyse phylogénomique met en évidence une forte corrélation entre le répertoire de gènes impliqués dans la décomposition de la lignocellulose (cellulases, ligninases) et les styles de vie (pourriture blanche, pourriture brune ou symbiote mycorhizien). Elle révèle également que la symbiose mycorhizienne est apparue indépendamment dans toutes les lignées principales des champignons par convergence évolutive soulignant ainsi son succès évolutif.
Sur la base de ces travaux originaux, les chercheurs proposent un scénario expliquant l’évolution des principaux groupes de champignons forestiers au cours des dernières 300 millions d’années. Les premiers champignons xylophages auraient été des agents de la pourriture blanche équipés d’un arsenal important d’enzymes de dégradation de la lignine et de la cellulose . Ces espèces ancestrales auraient ensuite évolué vers les agents de la pourriture brune capables de dépolymériser la lignine par des réactions chimiques d’oxydo-réduction et de consommer ensuite la cellulose. Enfin, des pourritures blanches ou brunes auraient établi des mécanismes de communication afin de dialoguer avec les racines des arbres et établir ainsi des relations symbiotiques avec elles. Ces nouvelles espèces mutualistes auraient ainsi été capables d'utiliser les sucres simples de leur hôte et se seraient débarrassé de leur coûteux arsenal de dégradation enzymatique par érosion génomique. Outre la réduction massive des enzymes de dégradation de la paroi végétale, il apparaît que la capacité à former une symbiose mycorhizienne impose également l’invention de protéines de communication capables de contrôler les défenses immunitaires de la plante, condition indispensable à la colonisastion massive de la racine.
Ces travaux apportent un éclairage nouveau sur l'histoire évolutive de deux guildes majeures de champignons forestiers, les décomposeurs et les symbiotes mutualistes. Ils mettent également en évidence la relation forte entre la composition de l'arsenal enzymatique de dégradation et la niche écologique des champignons forestiers. Enfin, les ressources génomiques générées par ce programme faciliteront les études fonctionnelles sur l'impact des changements globaux sur les services écosystémiques assurés par ces champignons du sol.
Référence
Annegret Kohler, Alan Kuo, Laszlo G Nagy, Emmanuelle Morin, Kerrie W Barry, Francois Buscot, Björn Canbäck, Cindy Choi, Nicolas Cichocki, Alicia Clum, Jan Colpaert, Alex Copeland, Mauricio D Costa, Jeanne Doré, Dimitrios Floudas, Gilles Gay, Mariangela Girlanda, Bernard Henrissat, Sylvie Herrmann, Jaqueline Hess, Nils Högberg, Tomas Johansson, Hassine-Radhouane Khouja, Kurt LaButti, Urs Lahrmann, Anthony Levasseur, Erika A Lindquist, Anna Lipzen, Roland Marmeisse, Elena Martino, Claude Murat, Chew Y Ngan, Uwe Nehls, Jonathan M Plett, Anne Pringle, Robin A Ohm, Silvia Perotto, Robert Riley, Francois Rineau, Joske Ruytinx, Asaf Salamov, Firoz Shah, Hui Sun, Mika Tarkka, Andrew Tritt, Claire Veneault-Fourrey, Alga Zuccaro, Mycorrhizal Genomics Initiative Consortium, Anders Tunlid, Igor V Grigoriev, David S Hibbett & Francis Martin. Convergent losses of decay mechanisms and rapid turnover of symbiosis genes in mycorrhizal mutualists. Nature Genetics, en ligne le 23 février 2015. doi:10.1038/ng.3223